2013年5月14日火曜日

VXLのビルド (Visual Studio 2012)

VXL(http://vxl.sourceforge.net/)のビルドは通常CMakeを使えば簡単にできますが,Visual Studio 2012ではtemplateのexportが廃止されたためビルドに失敗します.

解決方法は以下で報告されていました.
http://sourceforge.net/mailarchive/message.php?msg_id=29470214

方法は,以下の通りです.
vcl/vcl_compiler.h中の以下の記述を

// if the compiler doesn't understand "export", we just leave it out.
// gcc and SunPro 5.0 understand it, but they ignore it noisily.
#if !VCL_HAS_EXPORT||defined(VCL_EGCS)||defined(VCL_GCC_295)||defined(VCL_GCC_3)||defined(VCL_GCC_4)||defined(VCL_SUNPRO_CC_5)
#define export /* ignore */
#endif






以下のように書き換えます.
#if !VCL_HAS_EXPORT||defined(VCL_EGCS)||defined(VCL_GCC_295)||defined(VCL_GCC_3)||defined(VCL_GCC_4)||defined(VCL_SUNPRO_CC_5)
# define VCL_TEMPLATE_EXPORT /* ignore */
#else
# define VCL_TEMPLATE_EXPORT export
#endif

あとは,exportが使われているところをVCL_TEMPLATE_EXPORTに全置換することでビルドできるようになります.

2013年5月6日月曜日

ccmakeのインストール(Ubuntu 12.04)

cmakeは標準でインストールされていたがccmakeはインストールされていなかったのでメモ


sudo apt-get install cmake-curses-gui

ちなみにccmakeはcmakeの設定をCMakeCache.txtを直接編集せずにGUI上で編集できる便利なツールです. 
単にGUIになっているだけでなく,必要な項目のみピックアップされて表示されるのでキャッシュを編集するよりも楽です.



2013年5月4日土曜日

apacheが起動しない apache2 symbol lookup error (Ubuntu 12.04)

Ubuntu 12.04にてアップデートを行った後にapacheが以下のエラーを吐いて起動しなくなった

/usr/sbin/apache2: symbol lookup error: /usr/sbin/apache2: undefined symbol: apr_os_uuid_get
Action 'configtest' failed.
The Apache error log may have more information.
   ...fail!

対処方法は以下のページを参考にしてapr関係のライブラリを再インストールすることで解決できた.
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1306338

sudo rm /usr/local/lib/libapr*
sudo apt-get install libaprutil1 libaprutil1-dev libapr1 libapr1-dev

この後にapacheを起動
sudo /etc/init.d/apache2 start

これで無事に起動できた.

Ubuntuはパッケージのアップデート頻度がかなり高い方のディストリビューションだと思うが,サーバーとして使っていて上記みたいな問題が頻繁に起きてしまうと,かなり怖い(その分セキュリティーの穴はふさいでくれているとはいえ).
サーバー用途だと,CentOSみたいな枯れたパッケージを使っている物の方が安定性としては良いかもしれない.

2013年5月3日金曜日

Midas(kitware)のインストール(Ubuntu 12.04 LTS)

Midas(http://www.midasplatform.org/)をUbuntu 12.04にインストールしたときのメモ

MidasはVTKITKを開発しているkitware社が公開しているデータアーカイブ用のWebシステムです.といってもよくわからないので,具体的な使い方としてはDICOMデータサーバー的な利用をしたり,それらに対して何らかのバッチ処理を行ったり,ブラウザ上で可視化したり出来るシステムが簡単に構築できるものです.
以下は参考のビデオ
http://vimeo.com/34793115
http://vimeo.com/63110307

システムはLAMP環境(Linux+Apache+MySQL+PHP or Python)下で動作するようになっています.

wikiのインストールページ通りに進めていけば問題ないと思います.
http://www.kitware.com/midaswiki/index.php/Documentation/Latest/User/Setup/Installation

 インストール完了後はブラウザ上で初期設定を行います.これもwikiのページ通りに進めていけば問題ないです.
http://www.kitware.com/midaswiki/index.php/Documentation/Latest/User/Setup/FirstRun

その後は必要なプラグインの設定を行います(現在設定中).

DICOMサーバーは以下が必要なのでインストールします.
  • DCMTK
  • Pydas
DCMTKは普通にインストール
sudo apt-get install dcmtk

Pydasはpipを使うと簡単にインストールできる
sudo apt-get install python-pip
sudo pip  install pydas

可視化にはParaviewWebを設定する必要がある
インストールは以下のページを参考に進めていく
 http://www.paraview.org/Wiki/ParaViewWeb

ParaViewWebのビルドはcmakeを使って簡単にできるが,一部必要なライブラリが不足していたので,事前にインストールしておく
sudo apt-get install g++
sudo apt-get install libgl1-mesa-dev libglu1-mesa-dev mesa-common-dev
sudo apt-get install libxt-dev
sudo apt-get install python-dev
sudo apt-get install openjdk-7-jre
tsudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java
sudo apt-get update
sudo apt-get install oracle-java7-installer

インストール後はParaviewWebサーバーの設定を行う(今から)